在发酵的过程中，轻度染菌会影响到本批发酵产品的单位和收率，还可能会为下批生产埋下继续染菌的祸根，严重的染菌除严重影响产品产量和质量外，很可能造成生产不能有序进行或无法进行。尤其是玻璃发酵罐处在发酵的后阶段，其染菌直接影响到产品优劣和得率。
造成染菌的原因：
1、结构符合生产工艺要求，制作精细的发酵罐是保证生产正常运行的前提，及时检修是保证生产顺利、有序进行的必要措施。
2、玻璃发酵罐内挡板、蛇管、支架等部件的合理尺寸，合理安装，搅拌桨类型的合理选用是保证发酵罐罐内状态的必须因素。
3、靠罐阀门是直接接触发酵液的，这类阀门因承压关系易出现泄漏或料液倒流而结垢、垫片受损程度大、紧固螺帽脱落及密封圈破损等情况，而这些情况若不及时解决，可能造成染菌。
4、移种管路由于使用频繁，其中会有积料，而这些积料在下次管道消毒时会积于移种二道阀，也可能会使移种管路抗生素阀堵塞而造成管道消毒不*，从而导致玻璃发酵罐染菌。
解决染菌的途径：
1、物料应存放于干燥通风之处，严格控制库内温度、湿度避免受潮变质，同时应有足够的空间存放物料，并且做到“先入先出”，免于长期密集堆压而结块、发热变坏；把控来料质量，稳定产地，级别要合乎标准。
2、控制合适的打料体积，打料体积过小，装料系数低，发酵总亿下降；打料体积过大，易出现泡沫顶罐引起跑料、染菌，造成损失。
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